Das BAKOM wird seit dem 1999 als FLAG – Amt geführt. FLAG ist eine Anpassung der Konzepte des New Public Management (NPM) und bedeutet Führen mit Leistungsauftrag und Globalbudget. Das BAKOM ist eine von bisher 12 Verwaltungseinheiten des Bundes, welche im Rahmen eines Leistungsauftrages ihre Aufgaben definieren und die für die Ausführung benötigten Mittel über ein Globalbudget zugesprochen erhalten.

Das Bundesamt für Kommunikation verfügt im Rahmen dieses modernen Verwaltungsinstrumentes über eine erweiterte Autonomie bezüglich Management und Führung. Das Leistungsangebot des BAKOM umfasst die drei Produktegruppen "Radio und Fernsehen", "Telecomdienste" sowie "Funkkonzessionen und Fernmeldeanlagen". Ziel der neuen Verwaltungsform ist es ausserdem, den Übergang von einer auf die Ressourcen und Mittel (Input) ausgerichteten Geschäftsführung zu einem ergebnisorientierten (Output) System effizienter zu gestalten. Mit FLAG wurde ebenfalls eine Kosten- und Leistungsrechnung (KLR) eingeführt.Die kostenbewuste Geschäftsführung und die erhöhte Transparenz dank der KLR zeigen bereits Wirkung: ab Januar 2001 können die Verwaltungsgebühren für mehrere Produkte im Telecombereich des BAKOM gesenkt werden. Dies ist im Interesse der Diensteanbieterinnen und kommt im harten Preiskampf letztlich den KonsumentInnen zugute.

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