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Die Infrastruktur der BLS wird, wie früher beschlossen, in eine neue Gesellschaft ausgegliedert. An der neuen BLS Netz AG erwirbt der Bund nun in einem ersten Schritt 50,1% der Aktien. Erreicht wird die Beteiligung durch die Verrechnung früherer, für den Doppelspurausbau gewährter Darlehen im Umfang von rund 400 Millionen Franken. Die anderen Anteile liegen bei der BLS AG (33.4%) und dem Kanton Bern (16.5%). Die BLS Netz AG soll im ersten Halbjahr 2009 rückwirkend auf den 1. Januar gegründet werden.
BLS und Kanton Bern sind einverstanden, dass der Bund zu einem späteren Zeitpunkt durch eine weitere Umwandlung von Darlehen in Eigenkapital eine Zweidrittel-Mehrheit erwerben kann, die er angesichts der nationalen Bedeutung der Lötschberg-Achse anstrebt. Zur vertraglichen Absicherung dieser Zusicherung hat der Bundesrat das UVEK und das EFD zu Verhandlungen über einen Aktionärbindungsvertrag mit der BLS und dem Kanton Bern beauftragt. Der ausgehandelte Vertrag muss dem Bundesrat zur Genehmigung vorgelegt werden.
Bereits am 21. Dezember 2007 hatte der Bundesrat beschlossen, dass die Infrastruktur der Lötschbergachse Thun - Brig (Scheitel- und Basistrecke) bis Ende 2020 von der BLS betrieben wird. Diese Zusicherung ist jedoch an die Bedingung geknüpft, dass die BLS ihre gesamte Infrastruktur in eine separate, mehrheitlich vom Bund beherrschte Gesellschaft ausgliedert. Diese Bedingung kann mit der rückwirkend auf den 1. Januar 2009 vorgesehenen Übernahme einer Bundesbeteiligung von 50.1% an der BLS Netz AG erreicht werden.