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L'ordonnance sur la protection des végétaux a pour objectif d'empêcher l'introduction d'organismes particulièrement dangereux (dits d'organismes de quarantaine) en Suisse et d'éviter leur propagation une fois présents sur le territoire. Les organismes de quarantaine sont d'une manière générale soumis à des mesures de lutte obligatoires. Ils ne peuvent être ni détenus, ni multipliés, ni diffusés. L'ordonnance énumère explicitement les organismes concernés.
Le commerce international en constante progression, la mobilité croissante, mais aussi des températures plus élevées contribuent à la présence de plus en plus fréquente de maladies des végétaux et d'insectes nuisibles en Suisse. Ceux-ci peuvent entraîner d‘importantes pertes de production. Les mesures visant à empêcher l'introduction de tels organismes nuisibles doivent donc être encore plus efficientes et plus efficaces. L'ordonnance remaniée crée les conditions nécessaires à une exécution adaptée aux risques et à la pratique dans la situation actuelle.
Des règles plus sévères s'appliquent désormais à l'importation de marchandises potentiellement porteuses d'organismes de quarantaine. Si de telles marchandises sont importées de pays non membres de l'UE (Etats tiers), elles doivent être accompagnées d'un certificat phytosanitaire et elles sont contrôlées lors de l'importation en Suisse. Si ces marchandises ont déjà été contrôlées par les autorités phytosanitaires d'un Etat membre de l'UE lors du transit par l'UE, une inscription et un contrôle auprès du Service phytosanitaire fédéral ne sont plus requis.
L'importation de fruits et d'agrumes (plantes) des Etats tiers en Suisse fait l'objet d‘une réglementation plus sévère. Les agrumes sont désormais soumis à une attestation subordonnée à des exigences phytosanitaires particulières. Une interdiction d'importer s'applique dorénavant aux agrumes en tant que plantes. Cette mesure permet d'harmoniser dans une large mesure les dispositions suisses dans le domaine phytosanitaire avec celles de l'UE. On a ainsi créé les conditions permettant faciliter encore le commerce entre la Suisse et l'UE.
Les exploitations qui achètent des végétaux assument une nouvelle responsabilité. Elles doivent s'assurer que ces végétaux sont accompagnés des documents prescrits et qu'ils sont conformes aux dispositions phytosanitaires.
La nouvelle ordonnance se traduit également par quelques significations. Par exemple, le permis d'importer qui a été jusqu'ici requis pour les sauterelles destinées à l'alimentation des reptiles est supprimé. Un permis d'importer de l'OFAG n'est plus nécessaire que si un organisme de quarantaine doit être importé en Suisse, par exemple aux fins de la recherche. Les cantons sont libres de prendre des mesures contre d'autres organismes nuisibles sur leur territoire.