Die zuständigen Ministerinnen und Minister der Rhein-Anliegerstaaten, bzw. ihre Vertreter sowie ein Mitglied der Europäischen Kommission treffen sich am 18. Oktober 2007 in Bonn, um über die langjährige Zusammenarbeit zum Schutz des Rheins, seiner Nebenflüsse und des gesamten Einzugsgebiets Bilanz zu ziehen sowie die Leitlinien für die künftige Zusammenarbeit festzulegen. An der letzten Konferenz 2001 war das Programm „Rhein 2020“ verabschiedet worden und mit der Umsetzung wurde die Internationale Kommission zum Schutze des Rheins (IKSR) beauftragt. Die Schweiz setzt sich für die konsequente Umsetzung des beschlossenen Programms ein.

Die Konferenz sieht Beschlüsse in folgenden Bereichen vor:

Reduzierung der Stoffbelastung: Die Wasserqualität des Rheins hat sich entscheidend verbessert. Dennoch bereiten gegenwärtig Stickstoff- und Schadstoffeinträge insbesondere aus der Landwirtschaft sowie Mikroverunreinigungen aus der Siedlungsentwässerung Probleme. Die IKSR wird beauftragt, für die wichtigsten 15 Stoffe Qualitätsziele bezüglich der Konzentration zu definieren. Zudem soll sie ein Konzept zur Reduktion der Stoffbelastung entwickeln. 
Verbesserung des Ökosystems: Die Artenvielfalt im Rhein und seinen Nebenflüssen hat in erfreulichem Masse zugenommen. Doch noch immer ist der Rhein für Wanderfische, wie z.B. den Lachs, nicht durchwanderbar, da ihnen insbesondere im französischen Raum am Oberrhein Kraftwerke den Weg versperren. Die IKSR erhält den Auftrag, zu prüfen, wie die Finanzierung der Massnahmen für einen durchgängigen Rhein gesichert werden kann.
Hochwasservorsorge: Trotz den vielen Verbesserungen in der Hochwasservorsorge und im Hochwasserschutz in den letzten zehn Jahren sind noch nicht alle für Ende 2005 vereinbarten Ziele erreicht. Die Möglichkeiten der Schweiz sind in dieser Hinsicht jedoch aus topografischen Gründen beschränkt.
Klimawandel und Konsequenzen für den Rhein: Zum ersten Mal befasst sich die Rhein-Ministerkonferenz mit den Auswirkungen des Klimawandels auf den Rhein. Durch die Erwärmung der Atmosphäre ist auch eine Erwärmung der Wassertemperatur zu erwarten. Eine Studie mit gemeinsam entwickelten Szenarien zur Veränderung im Abflussregime soll in Auftrag gegeben werden.
Zusammenarbeit im Zusammenhang mit der Wasserrahmenrichtlinie: 2001 hatten sich die Minister auf eine koordinierte Umsetzung der europäischen Wasserrahmenrichtlinie (2000/60/EG) im Rheineinzugsgebiet geeinigt. Die Schweiz als nicht EU-Staat ist dieser Richtlinie nicht verpflichtet. Sie ist jedoch weiterhin bereit, die EU-Rheinanliegerstaaten auf der Grundlage des IKSR-Abkommens und der schweizerischen Gesetzgebung zu unterstützen.

Die Schweiz unterstützt diese Vorschläge generell. Die vom Bundesrat eingesetzte Schweizer Delegation besteht aus Mitgliedern des UVEK und des EDA. Die Leitung hat Willy Geiger, Vizedirektor des Bundesamtes für Umwelt BAFU.

Der Rhein – ein Flussgebiet als gemeinsame Herausforderung