Seit 1. Januar 2004 ist der Bereich Kranken- und Unfallversicherung im BAG integriert. Aufgrund der Übernahme dieser neuen Aufgabe wurde die Führungsstruktur des BAG überprüft und reorganisiert. Das BAG legt die bisher sechs Facheinheiten in vier operative Direktionsbereiche zusammen, die von einer neuen Stabseinheit Direktionsstab unterstützt werden.

Kranken- und Unfallversicherung (KUV) stellt die Pflege der einschlägigen Gesetze (insbesondere KVG, UVG) sicher, beaufsichtigt deren Umsetzung durch die Versicherer, passt den durch die soziale Krankenversicherung zu übernehmenden Leistungskatalog an den medizinischen Fortschritt an und gewährleistet die Finanzierung der Systeme. Per 1. Juli 2004 übernimmt Hans Heinrich Brunner die Leitung des Bereichs KUV.

Gesundheitspolitik hat die Aufgabe, die Erarbeitung, Begleitung, Umsetzung und Evaluation von Themen der nationalen Gesundheitspolitik und der Gesundheitsforschungspolitik unter Einbezug von internen und externen Stellen zu übernehmen. Der Bereich ist auch zuständig für die Pflege und Umsetzung der Gesetze über die Aus- und Weiterbildung z.B. der Ärzte, Zahnärzte und Apotheker. Designierter Leiter ist Christian Affolter, zur Zeit Leiter Abteilung Strategie und Grundsatzfragen BAG.

Öffentliche Gesundheit hat als Kernaufgabe, auf diejenigen Faktoren einzuwirken, welche den Gesundheitszustand der Schweizer Bevölkerung prägen. Es sind dies insbesondere der Konsum von Abhängigkeit erzeugenden Substanzen wie Alkohol, Tabak oder illegale Drogen, und das Ernährungs-, Bewegungs- und Sexualverhalten. Weiter überwacht dieser Bereich die übertragbaren Krankheiten inkl. HIV/AIDS sowie neue und wieder aufkeimende Infektionskrankheiten und hat den Auftrag, neue Risiken zu erkennen, die sich aus den Fortschritten der Biomedizin, der Transplantationsmedizin und der Forschung am Menschen ergeben. Designierte Leiterin ist Flavia Schlegel, zur Zeit GWF Wissenschaftsrätin bei der Schweizer Botschaft in Washington.

Verbraucherschutz fasst die Lebensmittelsicherheit, die Sicherheit von Chemikalien und den Strahlenschutz zusammen. Der Bereich stellt die Weiterentwicklung der entsprechenden Gesetze sicher, identifiziert die Gesundheitsgefahren und ergreift geeignete Massnahmen zur deren Minimierung. Designierter Leiter ist Roland Charrière, zur Zeit Leiter Abteilung Vollzug Lebensmittelrecht BAG.

Urs Klemm, Leiter der heutigen Facheinheit Lebensmittelsicherheit, wird das BAG gegen Ende 2004 verlassen und sein fundiertes Wissen im Rahmen einer neuen Tätigkeit einsetzen. Er wird dem BAG in anderer Form weiterhin zur Verfügung stehen.

Abteilung Direktionsstab
In der Abteilung Direktionsstab werden die Bereiche Direktionsgeschäfte, Kommunikation und Kampagnen zusammengefasst. Damit ist eine verstärkte Kohärenz zwischen den grossen Amtsgeschäften sowie dem öffentlichen Auftritt des BAG gewährleistet. Designierter Leiter der Abteilung Direktionsstab ist Diethelm Hartmann, stellvertretender Direktor und zur Zeit Leiter Facheinheit Öffentliche Gesundheit BAG.

Die Querschnittsfunktionen Internationales, Recht sowie Ressourcenmanagement werden von den bisherigen Stelleninhabenden geleitet.

Die neue Organisation tritt per 15. Oktober 2004 in Kraft. Das BAG wird zu diesem Zeitpunkt die detaillierte Struktur vorstellen.

Das BAG organisiert sich künftig in 4 operativen Einheiten