Im Jahr 2005 schickte der Bundesrat einen Gesetzesentwurf in die Vernehmlassung, der die Aufsicht über die Bundesanwaltschaft dem EJPD überträgt und die Modalitäten dieser Aufsicht regelt. Um die Unabhängigkeit der Bundesanwaltschaft bei der Erfüllung ihrer Aufgaben sicherzustellen, wurden im Entwurf die Zuständigkeiten des EJPD im Rahmen der Aufsicht präzise festgelegt und dessen Weisungsbefugnis beschränkt. Die Reaktionen der Vernehmlassungsteilnehmer fielen unterschiedlich aus. Der Bundesrat hält es dennoch für erforderlich, die heute geteilte Aufsicht bei einer Instanz anzusiedeln.

Verzicht auf eine geteilte Aufsicht

Seit dem 1. Januar 2002 nimmt das EJPD die Administrativaufsicht über die Bundesanwaltschaft wahr, während das Bundesstrafgericht seinerseits für die Fachaufsicht zuständig ist. Diese Trennung verursacht Probleme und erweist sich als beträchtliches Hindernis für eine effiziente und kohärente Aufsicht:

Das Bundesstrafgericht entscheidet über Beschwerden gegen Verfügungen der Bundesanwaltschaft. Andererseits kann es keinerlei organisatorische oder disziplinarische Massnahmen ergreifen, wenn es Mängel feststellt, weil die Administrativaufsicht beim EJPD liegt.
Umgekehrt hat das für die Administrativaufsicht zuständige EJPD gegenwärtig nur beschränkte Möglichkeiten zur Kontrolle der Geschäftsabläufe; zum Beispiel die Überprüfung, ob die von der Bundesanwaltschaft beanspruchten finanziellen, personellen und materiellen Ressourcen gerechtfertigt sind.

Koordination mit der Vereinheitlichung des Strafprozessrechts

Zahlreiche Vernehmlassungsteilnehmer wünschten jedoch eine zeitliche Koordination mit der Vereinheitlichung des Strafprozessrechts. Der Bundesrat beauftragte deshalb das EJPD, die Neuregelung der Aufsicht über die Bundesanwaltschaft in die Botschaft über die Anpassung der Organisation der Bundesbehörden aufgrund des vereinheitlichten Strafprozessrechts zu integrieren, sofern diese rasch genug erstellt werden kann.

Die eidgenössischen Untersuchungsrichter arbeiten zwar eng mit der Bundesanwaltschaft zusammen, unterstehen heute aber vollständig der Aufsicht des Bundesstrafgerichts, das auch für ihre Wahl zuständig ist. Deshalb hat sich ein Einbezug der Aufsicht über die eidgenössischen Untersuchungsrichter in die angestrebte Neuregelung nicht aufgedrängt. Im Rahmen der Vereinheitlichung des Strafprozessrechts wird das Amt des eidgenössischen Untersuchungsrichters aufgehoben.

Der Bundesrat will eine einheitliche Aufsicht über die Bundesanwaltschaft