Der GBT wurde am 1. Juni 2016 feierlich eingeweiht. Am 24. Mai hatte das BAV den SBB die Bewilligung erteilt, im GBT ab 1. Juni den Probebetrieb aufzunehmen. Dieser dauert bis zum Fahrplanwechsel. Er dient dazu, die betrieblichen Abläufe schrittweise hochzufahren, zu testen und die erforderlichen Nachweise für die Gebrauchstauglichkeit des Systems zu erbringen. Bis zum 11. Dezember werden rund 5000 Güter- und Personenzüge im Probebetrieb durch den GBT gefahren sein. Zuvor hatte die AlpTransit Gotthard AG (ATG) bis Ende Mai 2016 im Testbetrieb rund 3000 Fahrten durchgeführt, um nachzuweisen, dass die Systeme funktionstauglich sind.

Die nun erteilte Betriebsbewilligung enthält verschiedene Auflagen. Wie bei derart komplexen Anlagen üblich, gelten zudem noch betriebliche Einschränkungen. Dazu gehört etwa, dass der Tunnel vorerst für eine Höchstgeschwindigkeit von 200 km/h zugelassen wird. Im Hinblick auf den Einsatz von schnelleren Zügen werden die Anlagen für Geschwindigkeiten bis 250 km/h bereit sein. Im Bereich der Überholgleisanlage Rynächt im Norden sind noch verschiedene Fertigstellungsarbeiten auszuführen. Bis auch für diesen Anlageteil die erforderlichen Nachweise für alle Betriebsszenarien erbracht sind, wird die während des Probebetriebs geltende Geschwindigkeit von 80 km/h vorerst beibehalten.

Diese Massnahmen werden mit dem Projektfortschritt und dem Abarbeiten der Auflagen in den nächsten Monaten sukzessive aufgehoben. Sie haben für den Kunden keine spürbaren Auswirkungen. Sowohl die Kapazitäten wie die Fahrzeiten gemäss dem geplanten Angebot können eingehalten werden.

Mit der fahrplanmässigen Inbetriebnahme am 11. Dezember wird die Gotthard-Basisstrecke in das schweizerische und europäische Bahnnetz integriert. Täglich werden rund 50 Personenzüge (Intercity- und Eurocity-Züge) durch den längsten Eisenbahntunnel der Welt fahren und es besteht Kapazität für bis zu 260 Güterzüge. Im Personenverkehr ergeben sich Reisezeiteinsparungen von rund einer halben Stunde. Die Gotthard-Achse der Neuen Eisenbahn-Alpentransversalen (NEAT) wird voraussichtlich im Jahr 2020 mit der Inbetriebnahme des Ceneri-Basistunnels vollendet werden. Auf den gleichen Zeitpunkt hin soll der 4-Meter-Korridor auf der Nord-Süd-Achse betriebsbereit sein.

Der GBT ist mit 57 Kilometern der längste Eisenbahntunnel der Welt. Er weist praktisch keine Steigungen auf, der Scheitelpunkt liegt auf 550 Metern über Meer. Die Bauzeit betrug 17 Jahre. Zu Spitzenzeiten arbeiteten rund 2400 Personen auf den verschiedenen Baustellen im Tunnel und über Tag. Die Kosten belaufen sich auf rund 10 Milliarden Franken (Preisstand 1998, ohne Teuerung, MWST und Bauzinsen) respektive 12 Milliarden Franken effektive Gesamtkosten.

Im Güterverkehr erlaubt die Flachbahn durch den Gotthard längere Züge mit grösserem Gewicht, weniger Loks und kürzeren Fahrzeiten. Im Gotthard-Basistunnel können pro Tag gesamthaft bis zu 260 Güterzüge fahrplanmässig verkehren, auf der historischen Bergstrecke waren es maximal 180.

Personenzüge fahren im Tunnel in der Regel mit einer Geschwindigkeit von bis zu 200 Stundenkilometern; möglich sind künftig Geschwindigkeiten bis zu 250 Stundenkilometern. Die Verkürzung der Reisezeit wird schrittweise ab dem Fahrplanwechsel 2016 spürbar. Nach Abschluss der Arbeiten auf der ganzen Gotthard-Achse werden Reisende zwischen Zürich und Lugano rund 45 Minuten einsparen.

Freie Fahrt durch den Gotthard-Basistunnel