Les modifications en question du code pénal et du code pénal militaire consistent essentiellement à inscrire dans le droit suisse les crimes contre l'humanité et à définir plus précisément les crimes de guerre. Les crimes contre l'humanité désignent des actes tels que le meurtre, l'extermination, la réduction en esclavage, les disparitions forcées, la torture, les infractions sexuelles et la déportation, commis dans le cadre d'une attaque généralisée ou systématique contre la population civile. Ces actes sont déjà sanctionnés par le droit suisse, qui ne punit cependant pas spécifiquement l'élément d'attaque contre la population civile, lequel confère aux crimes contre l'humanité un caractère particulièrement abominable.

Les crimes de guerre - attaques contre des civils, recrutement d'enfants soldats, utilisation d'armes prohibées, etc. - ne sont aujourd'hui sanctionnés que par une référence générale au droit international humanitaire. Désormais, ils seront définis de manière détaillée dans le droit pénal suisse. De plus, la définition du génocide, inscrite dans le code pénal en l'an 2000, a été légèrement adaptée.

Nouvelle règlementation des compétences

Le projet redéfinit le partage des compétences entre les autorités civiles et les autorités militaires. En temps de paix, le Ministère public de la Confédération mènera les procédures pour génocide, crimes contre l'humanité ou crimes de guerre, et seuls incomberont aux tribunaux militaires les cas dans lesquels un militaire suisse sera l'auteur ou la victime du crime. En temps de guerre, tous les cas relèveront de la juridiction militaire.

Poursuite d'actes commis à l'étranger

Les autorités suisses pourront aussi poursuivre des actes commis à l'étranger, à condition toutefois que leur auteur se trouve en Suisse et ne puisse pas être extradé ni remis à un tribunal pénal international. La Suisse restera ainsi assurée de ne pas pouvoir servir de havre à des criminels de guerre. Grâce à une norme procédurale, les autorités de poursuite pénale ne seront néanmoins pas amenées à ouvrir des procédures longues et complexes en l'absence de l'inculpé dans des cas qui sont entièrement étrangers à la Suisse ni à conduire de procès dépourvus de chances de succès faute de pouvoir se procurer les preuves.

La Suisse a ratifié en 2001 le Statut de la Cour pénale internationale (CPI), dit Statut de Rome ; elle avait édicté en même temps les dispositions légales nécessaires à la coopération avec ce nouveau tribunal. Dans une deuxième étape, le droit pénal suisse a été adapté au Statut de Rome.

La Suisse se donne les moyens de poursuivre les crimes les plus graves; Les modifications de loi entreront en vigueur le 1er janvier 2011