En 2005, le Conseil fédéral a envoyé en consultation un projet de modification législative qui attribue au DFJP la surveillance sur le Ministère public et qui règle les modalités de cette surveillance. Pour garantir l'indépendance d'exercice du Ministère public, ce projet définissait de manière claire les attributions du DFJP en matière de surveillance et limitait son pouvoir de donner des instructions. Les réactions des participants à la procédure de consultation ont été assez mélangées. Le Conseil fédéral estime néanmoins nécessaire de regrouper la surveillance, aujourd’hui partagée, auprès d'une seule instance.

Plus de partition de la surveillance

Depuis le 1er janvier 2002, le DFJP exerce la surveillance administrative du Ministère public, alors que le Tribunal pénal fédéral est, quant à lui, chargé de la surveillance sur le plan matériel. La séparation entre surveillance administrative, d'une part, et surveillance matérielle, d'autre part, est source de problèmes et constitue un obstacle non négligeable à une surveillance efficace et cohérente :

Le Tribunal pénal fédéral statue sur les recours interjetés contre les décisions du Ministère public. Toutefois, il n'est guère à même d'ordonner directement des mesures organisationnelles ou disciplinaires lorsqu'il constate des carences, car la surveillance administrative du Ministère public relève du DFJP.
Pour sa part, le DFJP qui exerce cette surveillance n'a actuellement que des possibilités restreintes d'examiner les processus suivis pour le traitement des affaires ; il peut, par exemple, vérifier que les besoins en ressources - qu'il s'agisse de moyens financiers, de ressources humaines ou d'équipements - invoqués par le Ministère public sont justifiés.

Coordination avec l’unification de la procédure pénale

De nombreux participants à la procédure de consultation ont cependant souhaité une meilleure coordination temporelle avec l’unification de la procédure pénale. Le Conseil fédéral a dès lors chargé le DFJP d’intégrer la nouvelle réglementation de la surveillance du Ministère public dans le message sur l’adaptation de l’organisation des autorités fédérales à la nouvelle procédure pénale, pour autant que ce message puisse être préparé rapidement.

Les juges d’instruction fédéraux travaillent, certes, en étroite collaboration avec le Ministère public, mais la surveillance de leurs activités est exercée par le seul Tribunal pénal fédéral, lequel est également compétent pour leur nomination. Pour cette raison, il n’a pas semblé indispensable d’intégrer la question de la surveillance des juges d’instruction fédéraux dans la nouvelle réglementation envisagée. La fonction de juge d’instruction fédéral sera d’ailleurs supprimée dans le cadre de l’unification de la procédure pénale.

Le Conseil fédéral veut une surveillance unifiée sur le Ministère public de la Confédération